由於中山醫學大學之規模急速發展，為配合本校之學術研究發展規劃整合、建教合作及學術合作之需求。因此，在九十五學年度校務會議，通過本校新修訂組織規程中第十三條規定，設置「研究發展處」。

本處之設立旨在因應本校以教學、研究及服務為三大任務發展的趨勢，整合學校與附設醫院各項資源，統籌規劃學校研究發展計畫，研擬研究發展的政策，希冀全校相關研究資源得以更進一步發揮。再者，校外方面，則加強產業界與學校之建教合作計畫，整合運用學校各項教學、研究與服務資源，期使本校邁向研究與教學並重之醫學教育中心及醫療重鎮。

研究發展處位於正心樓一樓，在 楊順發 教授帶領下，目前設有二組：育成中心暨研發事務組及特色領域研究中心。研發事務方面有關統整校內研究資源，規劃研究獎助、校內計畫等相關行政事務；育成中心有關產學合作組規劃及掌理本校產學合作研究計畫相關業務；特色領域研究中心致力於規劃並推動本校四大特色研究領域，跨院系所之整合性研究發展及其相關事宜。